保頓足球會成立於1874年，是英格蘭足球聯賽始創球會之一。保頓在上世紀二十年代曾三奪足總盃冠軍，但至上世紀七十至九十年代中，球隊大部份時間在低組別的聯賽浮沉。1995年保頓首次升上英超，之後數年在英超與英甲之間浮沉，為九十年代英格蘭聯賽其中一支「升降機」球隊。在領隊艾拿泰斯帶領下，保頓於2001年再次升上英超，之後漸在英超站穩，更兩次取得參加歐洲賽的資格。2007年，帶領保頓八年的領隊艾拿泰斯離開，保頓亦因為球員老化問題，成績開始滑落，多個球季都要為護級而戰。至2011年至2012年球季，保頓只得英超第十八名，護級失敗，於2012年至2013年球季開始在英冠聯賽角逐。
保頓降落英冠後，數季只在聯賽榜中下游位置。2015/16年度英冠聯賽，保頓長期位於榜末，護級形勢相當惡劣。在2016年4月9日，保頓以1-4敗給打比郡後，提早五輪聯賽宣告護級失敗，來屆降至英甲。保頓降班後首個球季在英甲取得聯賽亞軍，2017/18年度球季返回英冠。
2017/18年度球季，保頓在最後一場聯賽憑比賽最後五分鐘連入兩球，以3-2反勝諾定咸森林，取得聯賽第二十一名，僅僅保住英冠席位。在2018/19年度球季，保頓面對嚴重財務問題，季中雖還清欠前班主的債項而避過被接管，但嚴峻的財務問題已影響球會營運及成績。2019年4月19日，保頓主場以0-2不敵阿士東維拉，提早四周聯賽宣告護級失敗，之後更因會方拖欠球員兩個月薪酬，保頓球員一度擬罷踢本季最後兩場聯賽，結果保頓球員只罷踢了聯賽倒數第二輪對賓福特的比賽以表不滿。
2019年5月，在2018/19年度球季結束後，保頓足球會因欠稅而被接管，因此在2019/20年度球季開始時保頓被扣12分。暑假期間傳出保頓行政職員被拖欠薪金的消息。2019年8月新球季開展，多次比賽保頓只派出平均年齡只有19歲的年青球員作賽，在多場比賽慘敗之餘，英格蘭足總亦關注為保頓出賽的年青球員福利問題，以至在8月底暫停保頓的比賽。英格蘭足總要求保頓在2019年9月12日之前找到新買家，否則球會將會逐出英格蘭職業聯賽，結果在2019年8月29日新買家Football Ventures (Whites) Ltd入主保頓，令球會能繼續在英甲聯賽作賽。
2019/20年度英甲聯賽，因受新冠肺炎疫情影響，在2020年3月中旬開始暫停，並在2020年6月決定腰斬球季，各球隊以停賽前每場比賽的平均得分決定排名。在停賽時位處英甲榜末的保頓，因此成為本季英甲聯賽的榜末球隊，來季降至英乙作賽。
2020/21年度英乙聯賽，完成24輪比賽後，保頓僅僅在聯賽榜排名第十七，但是在新任總教練伊恩·伊瓦特的帶領之下，下半季保頓有著截然不同的表現。在最後一輪擊敗克勞利鎮後，以聯賽第三名的成績自動升級來季的英甲聯賽。